Используем для этого wput
http://nemcd.com/2010/05/kak-pereklyuchit-ftpexe-v-passivnyj-rezhim/
http://rzdesign.ya.ru/replies.xml?item_no=63
@C:\wput\wput.exe -nd -d -B –basename=D:\db\perovo\ D:\db\perovo\rows.xls ftp://login:password@server.ru/
в некоторых случаях необходимо использовать параметр -p (в этом режиме не будет обратного соединения в режиме pasv):
@C:\wput\wput.exe -nd -d -B -p –basename=D:\db\perovo\ D:\db\perovo\rows.xls ftp://login:password@server.ru/